まず、MySQL4に乗っているデータのバックアップ

mysqldump-4.0 -u [USERNAME] -h [HOST] [DBNAME] -p > mysql.dump

つづいて、データの削除をする。
削除はさくらインターネットのコントロールパネルから削除します。
削除後、新規に作成すると、デフォルトでMySQL5のデータベースが作成される。

作成したデータベースのcharacter codeがujisになっているらしいので、utf8に変更。

mysql -v -u [USERNAME] -h [HOST] [DBNAME] -p

このときの、[host]は新規に作成したデータベースのホストであり、削除前と後ではhostが変更になっている。

DB文字コードの変更と書き戻し

mysql> alter database [DBNAME] character set utf8;
mysql> C utf8
mysql> . mysql.dump

あとは、wordpressの場合、wp-config.phpなどDBHOSTを書き換えて移行完了。